พระครูบาทิพย์ เจ้าอาวาสวัดบ้านแหลว เป็นผู้สร้างขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2453 โดยเห็นนิมิตในคืนหนึ่ง เป็นแสงพุ่งขึ้นสู่ท้องฟ้าสว่างไสวระยิบระยับสีเขียวบนดอยที่ตั้งขององค์พระธาตุ สักครู่ก็หายไป เช้าวันรุ่งขึ้นพระครูบาทิพย์จึงชวนสามเณรขึ้นไปสำรวจตรวจตราดูบนดอยแห่งนี้ เห็นว่าเป็นสถานที่ที่เหมาะสมแก่การสร้างพระธาตุเจดีย์เป็นอย่างยิ่ง เพราะว่าดอยแห่งนี้มีคูล้อมรอบ โดยการขุดของคนโบราณ ซึ่งไม่ติดกับดอยลูกใดเลยในบริเวณใกล้เคียงกัน จึงชักชวนญาติโยมสาธุชนทั้งหลายร่วมกันก่อสร้างเจดีย์ 

ต่อมาในปี พ.ศ. 2468 จึงได้ก่อสร้างกุฏิ วิหาร และศาลาตามลำดับ ตั้งเป็นวัดชื่อว่า วัดพระธาตุจอมจันทร์ มีภิกษุจำพรรษาติดต่อกันมาจนถึง พ.ศ. 2480 ได้เกิดไฟป่าลุกลามไหม้ศาลาและกุฏิจนหมด คงเหลือไว้แต่พระเจดีย์และวิหาร ศรัทธาชาวบ้านจึงได้ย้ายมาสร้างวัดอย่ข้างล่าง อยู่ห่างจากวัดเดิม 300 เมตร วัดพระธาตุจอมจันทร์จึงได้กลายเป็นวัดร้างตั้งแต่นั้นมา จนถึงปี 2542 จึงได้มีการบุรณะขึ้นมาใหม่ โดยพระมหายงยุทธ เทวธัมโม พร้อมคณะศรัทธา